由于JavaScript可以創造很多吸引人的視覺效果，有些網站喜歡使用JavaScript腳本生成導航。這也是嚴重的蜘蛛陷阱之一。
據觀察，有的搜索引擎在技術上可以獲得JavaScript腳本中包含的鏈接，甚至可以執行腳本并跟蹤鏈接，但對權重低的網站，搜索引擎覺得沒必要，不會費那個勁。所以網站上的鏈接必須使用最簡單標準的HTML鏈接，尤其是導航系統。用CSS做導航同樣可以實現很多視覺效果。
JavaScript鏈接在SEO中也有特殊用途，那就是站長不希望被收錄的頁面（如無排名意義的頁面，重復內容頁面等），不希望徹底權重的鏈接，可以使用JavaScript腳本阻止搜索引擎爬行。
